Le Vatican, qu’il qualifie de « lâche et silencieux », contraste avec les positions de l’archevêque de Jakarta et de l’archevêque de Rangoun. Pour lui, le pape cherche « à rétablir les relations très tendues entre l’Eglise et la République populaire de Chine, qui viennent à peine de s’arranger » et ne veut donc pas s’élever contre Pékin. « Son silence sur les Ouïgours, même s’il porte un coup à son autorité morale, apparaît comme le prix à payer pour ne pas froisser la Chine », poursuite Emmanuel Lincot qui déplore le fait que « le Vatican ne s’est jamais exprimé officiellement sur la persécution des Ouïghours », pas plus qu’il ne semble soutenir le Dalaï Lama.

Selon le sinologue, c’est également le fait que les Etats-Unis aient pris des sanctions contre Pékin qui dérange : « François a pris ses distances avec l’administration Trump et il n’est pas dupe de son jeu. En partant en croisade contre la Chine, les Etats-Unis trouvent dans le sort tragique des Ouïghours un prétexte moral pour poursuivre leur guerre commerciale avec la Chine ». Reste à savoir si ce n’est qu’un bref épisode et si le Vatican, une fois son accord avec la Chine renouvelé, aura le courage de s’ériger contre la répression des Ouïghours.